El Protocolo de Estambul es el Manual de Investigación y Documentación Efectiva sobre Torturas, Castigos y Tratamientos Crueles, Inhumanos o Degradantes que se adoptó en el año 2000 por la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para Derechos Humanos, con el propósito de servir de guía para poder realizar investigaciones paralelas a las gubernamentales, sobre posibles casos de torturas físicas y/ o psíquicas. El Protocolo fue creado por más de 75 expertos en salud, legislación y derechos humanos pertenecientes a diferentes organizaciones (de atención a víctimas, etc), y contiene los estándares que son aceptados internacionalmente para reconocer situaciones de tortura en diferentes contextos.
Es una guía dirigida a orientar tanto a peritos psicólogos como a abogados y otros investigadores, y recoge los aspectos más importantes que deben ser evaluados tanto en el plano físico como psíquico para determinar la magnitud del daño. El perito o investigador encargado de su aplicación deberá ratificar el trabajo en la embajada correspondiente.
El Protocolo de Estambul se ha convertido en una herramienta fundamental en la lucha por la erradicación de los casos de torturas (históricamente aceptados como método de obtención de información en procedimientos judiciales), muchos de los cuales serían difíciles de descubrir sin esta ayuda por la ausencia de lesiones o secuelas físicas observables. Para los letrados, esta guía es útil en la medida en que les permite disponer del testimonio de testigos y víctimas, y en muchos casos ha sido la prueba determinante para conseguir que se haga justicia ante situaciones a las que nadie podía dar voz, como ocurrió en el año 2006, en que la abogada Mónica Feria consiguió que se reconociera que los reclusos de la cárcel de Castro Castro, en Lima, habían sido torturados antes y después de la masacre de mayo de 1992 hasta el punto de la muerte en algunos casos. Para ello se basó, entre otras pruebas, en un informe de 700 páginas que demostraba los actos de tortura a los que fueron expuestos los supervivientes de la masacre, que se convirtió en la prueba fundamental para que el estado de Perú reconociera los hechos que había negado durante años.